Sisekaitseakadeemia pakub lisaks rakenduskõrgharidusõppele võimalust omandada teadmisi ka magistriõppes.
2009. aastal avati sisejulgeoleku magistriõpe, mille peamine eesmärk on pakkuda Sisekaitseakadeemia erialade ülest magistriõpet sisejulgeoleku valdkonnas, võimaldades omandada pädevuse sisekaitseliste organisatsioonide juhtimiseks.
2005. aastast toimub koostöö Tartu Ülikooliga finantsjuhtimise magistriõppe pakkumisel. Alates 2009. aasta sügisest on võimalik õppida Tartu Ülikooli ärijuhtimise magistriõppe raames Sisekaitseakadeemias finantsjuhtimise ja avaliku sektori ökonoomika ja juhtimise erialal.